Черепашки-ниндзя 2

После победы над Шреддером черепашки — Леонардо, Рафаэль, Донателло и Микеланджело — продолжают скрываться в подземельях Нью-Йорка. Они по-прежнему вынуждены жить в тени, несмотря на то, что именно они спасли город. Однако спокойствие длится недолго, когда поступает тревожная новость: Шреддер сбегает из-под стражи во время этапирования в тюрьму. В ходе побега ему помогает таинственный ученый Бакстер Стокман, который использует передовые технологии, а также два преступника — Бибоп и Рокстеди.

Шреддер объединяется с Бакстером, который раскрывает ему секрет особой инопланетной мутации. С помощью специального вещества преступники превращаются в могучих мутантов — кабана Бибопа и носорога Рокстеди. Теперь эти двое обладают невероятной силой и готовы уничтожить любого, кто встанет у них на пути. Тем временем Эйприл О’Нил, журналистка и давний друг черепах, узнает о заговоре, который может угрожать всему городу. Она выясняет, что Шреддер планирует открыть портал в другое измерение, чтобы призвать на Землю могущественного инопланетного завоевателя — Кренга.

Тем временем черепашки сталкиваются с дилеммой. Донателло обнаруживает, что мутация, примененная к Бибопу и Рокстеди, может помочь им самим стать людьми. Этот факт порождает разногласия в команде: Микеланджело мечтает обрести человеческий облик и выйти в мир, а Рафаэль сомневается в том, что им стоит изменять свою природу. Леонардо же пытается сохранить единство команды, но напряжение внутри группы растет.

Шреддер, используя новую силу своих мутантов и технологии Стокмана, начинает воплощать свой план. Он получает доступ к частям устройства, необходимого для открытия портала. Черепашки отправляются в разные точки города, чтобы сорвать его планы, но сталкиваются с сопротивлением Бибопа и Рокстеди. В процессе им помогает Кейси Джонс, новый союзник, мастер спорта по хоккею, который вступает в борьбу с преступниками на улицах Нью-Йорка.

Тем временем портал начинает активироваться. Из него появляется гигантский роботизированный военачальник Кренг, у которого собственные планы на Землю. Он предает Шреддера, считая его всего лишь пешкой в своей игре. Черепашкам предстоит столкнуться с невиданной угрозой, когда на кону оказывается не только их собственная судьба, но и будущее всего человечества.